抗菌肽與細胞膜相互作用的粗粒化分子動力學模擬

根據實驗研究，桿菌霉素D具有很強的抗菌活性，但其抗菌機理尚不清楚。在本項目中，通過粗粒分子動力學（CG MD）模擬研究了該環狀脂肽與三種不同帶電細胞膜之間的相互作用機理。建立了環狀脂肽桿菌霉素D的特定CG模型。研究了環脂肽桿菌霉素D插入DOPC，DOPC / DPPA和DOPC / DOTAP細胞膜的過程。基于密度分布計算，分析和比較了桿菌霉素D在三種不同細胞膜中的位置分布和穩定性。另外，我們著重研究了帶有負電荷或強疏水性的氨基酸殘基與兩種不同細胞膜的頭基之間的徑向分布函數（RDF）曲線。基于這三個膜曲率的變化，環狀脂肽桿菌霉素D可以引起DOPC / DOTAP膜的局部表面突起，DOPC / DPPA膜的表面向內凹陷以及抑制DOPC膜的表面變形。這項研究將有助于進一步了解環狀脂肽桿菌霉素D的抗菌機理，并為開發新的抗生素提供基礎。DOPC / DPPA膜表面向內凹陷，并抑制DOPC膜表面變形。這項研究將有助于進一步了解環狀脂肽桿菌霉素D的抗菌機理，并為開發新的抗生素提供基礎。DOPC / DPPA膜表面向內凹陷，并抑制DOPC膜表面變形。這項研究將有助于進一步了解環狀脂肽桿菌霉素D的抗菌機理，并為開發新的抗生素提供基礎。