分子動力學模擬篩選mTOR1信號通路抑制劑
成功案例
雷帕霉素復合物1(mTORC1)的機制靶標過活躍與多種疾病(例如癌癥和糖尿病)有關。可以通過有效抑制mTORC1來治療,這可以通過防止精氨酸破壞mTORC1亞基1(CASTOR1)的細胞質精氨酸傳感器而實現,該蛋白通過與CASTOR1結合而朝向RAGS亞復合物2(GATOR2)復合物活化。
抗菌肽與細胞膜相互作用的粗粒化分子動力學模擬
成功案例
根據實驗研究,桿菌霉素D具有很強的抗菌活性,但其抗菌機理尚不清楚。在本項目中,通過粗粒分子動力學(CG MD)模擬研究了該環狀脂肽與三種不同帶電細胞膜之間的相互作用機理。建立了環狀脂肽桿菌霉素D的特定CG模型。研究了環脂肽桿菌霉素D插入DOPC,DOPC / DPPA和DOPC / DOTAP細胞膜的過程。基于密度分布計算,分析和比較了桿菌霉素D在三種不同細胞膜中的位置分布和穩定性
LAMMPS反應力場計算激光燒蝕高分子
成功案例
本項目研究了某種聚合物高分子在激光照射下的化學反應。并分析了化學鍵的斷裂能,激光燒蝕高分子聚合物過程,高分子聚合物混合體內部溫度分布,化學組分變化以及應變應力變化。
利用密度泛函理論以及Hirshfeld Surface Analysis計算晶體分子的相關性質
成功案例
本項目中,利用密度泛函理論在量子力學的理論尺度計算了由一種小分子構成的晶體的相關性質,密度泛函理論計算出了其幾何性質以及電性質,從而可得到其鍵長,鍵角等幾何性質,以及HOMO/LUMO能級。此外還分析了Hirshfeld Surface Analysis。
利用分子對接虛擬篩選技術從化合物數據庫中選擇潛在的藥物分子
成功案例
分子對接以及虛擬篩選技術在科學研究中有著舉足輕重的地位,在篩選合成藥物小分子中都扮演著重要的角色。正如2019年底武漢爆發的新型肺炎其感染源為CoronaVirus, 在面臨著市面上并沒有特效藥的情況下,科學家可首選分子對接虛擬篩選技術迅速從化合物庫里面選擇出一些潛在的藥物,進而進行體外實驗以及臨床試驗,這樣可大大降低藥物研發的時間。
分子模擬在藥劑學中的應用
成功案例
本項目研究加入離子液體后,某種常見的藥物分子在水溶液中的溶解度是否有所增加。分析了離子液體與藥物分子以及水分子之間的能量變化,范德華作用力以及靜電作用力

